שתי הכנסיות מהתקופה הביזנטית: הכנסייה הראשונה נבנתה בבית עניה במאה הרביעית והיתה חלק מקומפלקס אמיתי, ה-לזאריום, שנבנה בסמוך לקבר של לזרוס על מנת להנציח את האירועים הקשורים לנוכחות של ישוע בבית עניה.
המקום המוזכר ברישומים ובהערות של עולי רגל, כולל: אוזוביו מקיסריה (330), עולה רגל אנונימי מ-בורדו (333) ועולה הרגל בשם אגריה (380), מספרים על אירועים ליטורגיים המתקיימים שם. הכנסייה הראשונה הינה בסגנון של הבזיליקות מתקופת קונסטנטינוס: היו בה שלושה אזורי ישיבה, עם פסיפסים ברצפה שהיו דומים למדי לאלו שנתגלו בבזיליקה שבבית לחם. הכנסייה נהרסה על ידי רעש אדמה ונבנתה מחדש במאה החמישית; הכנסייה הביזנטית השנייה נבנתה יותר מזרחה ולכן רחוקה יותר מהקבר של לזרוס.
הכנסייה השלישית מהתקופה הצלבנית: בתקופת הצלבנית, תודות למלך פולק מ-אנזו ואשתו, המלכה מליסנדה, נערכה עבודת שיפוץ ושיקום שהחלה בכנסייה הביזנטית השנייה; עבודה זו עשתה שינוי למבנה המקורי והעניק לה מראה שונה לחלוטין ולכן המלומדים מדברים על כנסייה שלישית. הצלבנים גם בנו מנזר עבור הנזירות הבנדקטיניות וכנסייה ממש מימין לקברו של לזרוס, שסביר שהיתה בשימוש כקפלה עבור הנזירות.
בשנת 1187 במהלך שלטונו של סלאח א-דין, הקומפלקס סבל מנזק ניכר ובהדרגה התפורר. מעט הפריטים שנותרו נשמרו על ידי האבות הפרנציסקאניים. המינרט של המסגד בנוי על האזור של האכסדרות של הכנסייה שעמדה שם.
המקום הקדוש של הידידות
הכנסייה הנוכחית נבנתה על ידי הפרנציסקאנים, שהעניקו את האחריות לבנייה בידי הארכיטקט אנטוניו ברלוצי. המקום הקדוש, שזכה להיות מקודש באפריל 1954 מבוסס וממוקם על שהשרידים של שלושת הכנסיות הקודמות, אשר במהלך הבנייה נעשה מאמץ להגן עליהם עד כמה שניתן; למעשה, הן מבפנים והן לפני החצר ניתן לראות מקטעים של רצפת פסיפס משתי הכנסיות הביזנטית, בשעה שחלקים מאזורי הישיבה של הכנסייה הראשונה נראים לעין בכנסיה, מתחת לרצפה.
המבנה הוא של צלב יווני ומקבל את האור מלמעלה; דבר זה מסמל את התחייה ואת החיים שהוענקו על ידי ישוע המשיח, כפי שכתב בלטינית מתחת לכיפה "המאמין בי, יחיה גם אם ימות" (ספר הבשורה לפי יוחנן, י"א:25). הפסיפס בצורת חצי חרמש של ארבעת הזרועות של הכנסייה מסכם את האירוע של בית עניה, עם המסר של הבשורה. למעשה, מספר אירועים של הבישור התרחשו בבית עניה.
