עדות לחשיבות של אתר הטבילה של ישוע בירדן נמסר לנו על ידי עולה רגל אנונימי מ-פיאצנזה בשנת 570. הוא מדבר על צלב הממוקם על עמוד שיש במרכז הנהר, על מנת לציין את מקום הטבילה.
לפי זכרון היסטורי, הפרנציסקאנים עורכים מסע עלייה לרגל שנתי לאתר זה לפחות משנת 1641.
מאז 1967, כתוצאה מהמלחמה בין ישראל לירדן, האזור כולו היה סגור בפני עולי רגל ותיירים והפך לשדה מוקשים ענקי (55 הקט) ואזור צבאי. רק בשנת 2000 לרגל ביקור האפיפיור יוחנן פאולוס השני בארץ הקודש גישה זעירה נפתחה, שלאחר מכן נסגר שוב לאחר האינתיפאדה הראשונה. בשנת 2011, הרשויות הישראליות ניקו אזור קטן מהאדמה על מנת להפוך אותו לנגיש לעליות לרגל.
נחל מינואר 2018, הארגון של האלו טראסט בהדרגה מאתר מוקשים בכל השטח השייך לשמונה כנסיות נוצריות, שהן הבעלים של המקום: הכנסייה הקתולית, היוונית אורתודוכסית, ארמנית, קופטית, אתיופית, רומנית, סורית ורוסית.
ב-9 ביולי 2018, היתה זו הפעם הראשונה שבה האזור של הפרנציסקאנים עבר ניקוי ממוקשים. התקדמנו עם ניקוי המוקשים מהדרך הראשית ואילך, מסביב ובתוך הכנסייה. אף חפץ חשוד לא נמצא בכנסייה ובמנזר, אולם האלו טראסט נתבקשו להסיר את כל החפצים.
(למידע נוסף: המנזר הפרנציסקאני שעל נהר הירדן 50 שנה לאחר הסגר ו-מעבר מאזור קרב למחנה של שלום)
לפי התחזיות של האלו טראסט, 30 אלף מטר מרובע בקרוב יוכרז כנטולי מוקשים.
הכנסייה הפרנציסקאנית
בשנת 1932 הקוסטודיה של ארץ הקודש רכשה אדמה בסמוך למקום הטבילה של ישוע שליד נהר הירדן וב-1933 נבנתה קפלה ליד הנהר. בשנת 1935, מרחק לא רב משם, כנסייה קטנה שעדיין ניצבת שם כיום, מוקדשת ליוחנן המטביל, נפתחה.
המבנה הינו בשתי קומות כשבקומת הקרקע, ישנם החדרים של המנזר, שהיה בהם שימוש כבית הארחה וכמקום התומך באחים הפרנציסקאנים, שחזרו למנזר שביריחו בערב (שעליו נסמך אתר הטבילה). באמצעות המדרגות הממוקמת מבחוץ לבניין, ניתן לגשת לקומה העליונה היכן שישנה כנסייה קטנה עם כיפה וחלונות סוגרים אותה.
הבניין הפרנציסקאני שופץ בשנת 1956 לאחר רעידת אדמה, אולם עקב נטישת המקום לאחר מלחמת ששת הימים הבניין ספג נזק נוסף. אין הוא נגיש עוד לכולי רגל, אולם עבודה עליו מתבצעת והוא ייפתח מחדש שוב.
המנזר היווני האורתודוכסי
במרחק של כקילומטר מגדת נהר הירדן, ניתן להגיע להריסות מרשימות של המנזר היווני האורתודוכסי של המבשר (פרודרומוס), או יוחנן המטביל, עם קריפטה מהתקופה הביזנטית. בימי הביניים, הקיסר הביזנטי מנואל קומניאו (1143-1180) בנה מחדש את המנזר וביצר אותו, אולם לאחר מכן הוא קרס שוב. בשנת 1882 הפטריארכיה היוונית אורתודוכסית קנתה את האזור חידשה את הקהילה הדתית שם. השם הארמי-סורי הקדום של המנזר נשתמר גם בשפה הערבית: מאר יוחאנא, שמשמעו המילולי – יוחנן האדון (ראה את התפילה הנוצרית מאר-אנא תה, "האדון, בוא!" באגרת הראשונה אל הקורינתים 16:22). בכנסייה שבה דבורה השפה הארמית, למעשה התואר אדון / גברת עדיין רלוונטי לזה של קדוש/קדושה.
הקומפלקס של הפסיפס יפתח מחדש בקרוב. ההודעה על כך נמסרה בסוף חודש ינואר 2018 על ידי הפטריארכיה היוונית האורתודוכסית של ירושלים. בהצהרה רשמית מצוין כי המנזר נמצא בתהליך שיקום ויהפוך למקום קדוש אורתודוכסי ולמקום שמקבל את פני עולי הרגל.
