
ביקורה של מרים הבתולה אצל אלישבע נקבע בתחילה כמקום אחר ממקום הולדתו של יוחנן הקדוש (יוחנן המטביל, בנה של אלישבע) בראשית המאה ה 14: "בית זכריה נמצא בהרי יהודה. במקום זה ישנן שתי כנסיות… ובין שתי כנסיות אילו זורם מעיין אשר די שופע מים. באתר הכנסייה הראשונה, נאמר שאלישבע בורכה על ידי מרים הבתולה המבורכת. כמו כן נאמר שיוחנן המטביל המבורך הוחבא שם בזמן טבח (הפעוטות) התמימים. באתר הכנסייה השנייה, יוחנן המטביל המבורך נולד" (הנזיר ג’ובאני פדאנזולה מפרוג’יה, 1330).
מעבר לאפיזודה המתוארת בבשורה, אותה כנסייה גם משמרת את זכר מקום מחבואו של יוחנן המטביל הקדוש, כפי שמתואר בספרים החיצוניים שקדמו לבשורה שבברית החדשה (מהמאה השנייה): "מעבר לעמק קטן השופע עצים ישנו הר אשר לכיוונו רצה אלישבע עם בנה, באומרה "הר! קבל את האם ובנה!" וההר נפתח והציע להם מקום מקלט. חייליו של הורדוס אשר עקבו אחריהם, הגיעו לנקודה זו וכאשר לא מצאו אף אחד, חזרו מבולבלים. אפילו כיום, אפשר לראות את מקום ההתרחשות, המסומן בסלע. מעליו נמצאת כנסייה קטנה, ומתחתיה ישנה מערה אשר בפתחה הוסיפו עוד כנסייה קטנה. ממערה זו נובע מעיין אשר הרווה את צימאונם של אלישבע ויוחנן בזמן ששהו בהר, ואשר נשארו שם, כשמלאך משרתם, עד מותו של הורדוס." שרידי "אדמת המערה של אלישבע ויוחנן נשמרו כבר מאז המאה השביעית ברומא, באוצר הלטראני ובמקומות אחרים. אבן, החשופה בקריפטה, ממשיכה את המסורת הזו בימינו.
במאה ה 14 הכנסייה הייתה תחת השגחתם של נזירים ארמנים, אשר עזבו זמן קצר לאחר מכן. הפרנציסקאנים רכשו את האתר ב 1679.
החפירות (שנעשו על ידי האב בלארמינו באגאטי, 1937) שנערכו לפני בניית הכנסייה החדשה (על ידי הארכיטקט בארלוצי, 1940-1939) העידו על שרידי מבני ההנצחה העתיקים אשר מהווים חלק מהכנסייה העליונה ומהקריפטה, וכן אולמות עתיקים עם קירות אבן אשר מגיעים עד לבאר אשר ניזונה בקביעות מזרם מים קט. חשוב להבחין מעל צידה הדרומי של הכנסייה באולם צלבני שהשתמר יפה.