O primeiro testemunho escrito é de um Anônimo do séc. XII que nos deixou uma breve menção sobre uma capela no deserto. Giovanni Zuallardo a desenhou no ano de 1586 – já em ruínas mas igualmente imponente, e escreve: “Saindo da Visitação, desejamos seguir duas ou três milhas avante, para visitar o Deserto, onde S. João Batista, guiado e confortado pelo Espírito Santo, viveu sua infância até o dia de sua aparição em Israel, pregando o Batismo de penitência. E chegando ao Deserto, por caminhos difíceis e perigosos, nos alegramos em ver um lugar tão austero e ao mesmo tempo tão belo, e apesar de não haver tantos bosques como nos parece ter existido no passado, é uma paisagem muito rústica, longe de qualquer habitação humana. A gruta onde o Santo morava, celebrada no hino que se canta na igreja e que se inicia: “Antros desertos..., é escavada no centro de um penhasco, logo no início de uma encosta montanhosa repleta de arbustos, que se torna logo um precipício, ou beiral, dado a produndidade do vale que está logo em frente. Esta caverna possui um grande interior e ao fundo se vê um relevo em forma de altar, onde dormia o Santo.
A sua entrada é estreita e de difícil acesso, e junto da mesma existe uma pequena fonte de água boníssima, a qual se pode atingir seja pelo alto, ou por baixo. Mais acima há uma pequena igreja e um mosteiro, dos quais não se vê nada além de algumas partes de suas paredes, quase todas desfeitas”. (ELS 82). No ano de 1626, padre Quaresmi fala de uma igreja dedicada a S. João (ELS 86). O que faz pensar se tratar de uma reconstrução ou restauro feito pelos franciscanos.
