Il “Litòstroto” e la “casa o pretorio di Pilato, dove il Signore fu giudicato” erano mostrati in abbandono nel IV sec. (Pellegrino anonimo di Bordeaux, Cirillo di Gerusalemme). Nel V secolo vi fu edificata una chiesa che ritroviamo poco dopo con il titolo di S. Sofia (Sapienza, in greco) perché “il primo degli amici della Sapienza vi udì la propria condanna” (Sofronio di Gerusalemme, inizio VII sec.). Di questa chiesa non si sa più nulla in seguito, e il ricordo del Litostroto finì col fissarsi dapprima sul monte Sion e poi (dalla fine del XII sec.) nei pressi dell’Antonia, la fortezza che ai tempi di Cristo dominava il Tempio da nord.
La chiesa della Flagellazione fu costruita originariamente dai crociati nel XII secolo e poi lasciata in abbandono per molti secoli. Nel 1838 fu acquistata dai francescani e riaperta al culto con le generose offerte di Massimiliano di Baviera, come attesta la lapide in facciata. L’arch. A. Barluzzi la restaurò nel 1929 mantenendone lo stile medievale. Pregevoli le vetrate di A. Cambellotti che raffigurano il giudizio di Pilato, la flagellazione di Gesù e la liberazione di Barabba. Una tela di una parete laterale ricorda S. Paolo imprigionato nella fortezza Antonia (M. Barberis).
Il santuario della Condanna fu ricostruito nel 1904 da fra Wendelin Hinterkeuser sulle rovine di una chiesa di epoca medievale venuta casualmente alla luce pochi anni prima. Non si conosce il titolo dell’antica chiesa; la nuova ricevette questo nome a causa del pavimento a grandi lastre che continua anche sotto il vicino santuario dell’Ecce Homo, considerato allora parte del Litòstroto, nel quale Pilato stabilì il suo seggio per il giudizio di Gesù e dal quale Gesù uscì portando la croce.
Tra i ricordi della Passione è raffigurata l’Addolorata (scena in cartapésta di S. Sacquegna nella Condanna, tela di M. Barberis nella Flagellazione). Secondo la mistica cristiana, Maria era presente al processo di Gesù.